Versement des IJSS par subrogation

Bonjour, j'ai été en arrêt maladie en mars 2025 puis en congés maternité de juin 2025 à octobre, j'ai appris que mon employeur avait demandé la subrogation, mais j'ai aussi remarqué un écart de 4000 euros environ entre ce qu'il m'a versé et ce qu'il a touché... Quels sont mes recours ?

J'ai démissionné en octobre, je n'arrive pas à obtenir de solde de tout compte qui pourrait tout détailler, et je ne sais pas comment leur demander cet argent.

Une autre question, est il possible de toucher des indemnité salarié en même temps que des indemnités de travailleurs indépendant ?

merci