Arrêt maladie comment suis je payer de mon employeur ?

Bonjour à tous, voila mon histoire, j'ai été en arrêt pathologique de grossesse du 06/05 au 19/05, Bien payé normalement par la sécurité social. Ensuite, en arrêt maladie depuis le 20/05 jusqu'au 11 juillet. mon congé maternité a débuté le 12 juillet. J'ai été payé par la sécurité social normalement c'est à dire depuis le début de mon arrêt maladie à 50% de mon salaire (18e a peu près). Le problème c'est mon employeur, il m'a versé un salaire en mai alors qu'il n'aurait pas du, du coup il me l'a repris en juin, sauf qu'en juin il aurait quand même du me payer pour compléter la sécurité sociale, sauf qu'il m'a mis en congé maternité ( hors il commencait que le 12 juillet) donc il ne m'a rien versé en juin. ensuite pareil pour juillet, toujours en arrêt classique jusqu'au 11 je n'ai toujours rien eu. en plus de ça, ils ont fait une subrogation pour une partie ( 15 jours environ) dont la sécurité social leurs a versé de l'argent que normalement eux me doivent ! sauf que sur ma fiche de paie de juillet ils me l'ont déduit de mon salaire au lieux de me le donner , voila c'est tellement compliqué que j’espère quelqu'un sauras m'éclairer, d'après ma convention collective je suis censé avoir 90% les 30 premiers et 66.66% les 30 suivant et pour moi il me manque donc de l'argent quelque part, merci d'avance désole pour le pavé