Inaptitude et indemnités CPAM

Je suis en arrêt longue maladie depuis 3 ans et mon arrêt de travail s’est terminé le 31.05.21, pensant que mes indemnités journalières se terminaient aussi le 31.05. Par conséquent, j’ai demandé une visite de reprise à la Médecine du Travail afin qu’elle constate une inaptitude à reprendre mon activité (aggravation de mon état de santé). Ma visite médicale a été fixée le 02.06.21. Étant donné que j’étais dans l’incapacité de reprendre mon travail le 1er juin, mon employeur m’a octroyé ce jour de congé. Je viens d’obtenir par ailleurs une mise en invalidité à partir du 30.06. Ce jour la CPAM m’informe que mes indemnités journalières vont jusqu’au 29.06.21 et me demande de leur envoyer un arrêt de travail. Une procédure de licenciement est en cours. Je dois donc faire faire par mon médecin un arrêt de travail et non une prolongation je suppose car le 02.06 j’étais convoquée à la médecine du travail et le 1er a été pris en congé. N’est ce pas trop tard pour déposer cet arrêt de travail à la CPAM ? 3 jours de carence vont être pris en compte ? Est ce que cela ne va pas entraver la procédure de licenciement ? Merci de me donner votre avis.