Faire reconnaître un arrêt maladie en accident travail 1 mois aprés ?

Bonjours,
J’ai 13 ans ancienneté dans une marbrerie.
Je suis au poste de gestionnaire de stock depuis 1ans.
J’ai mon épaule droite qui me faisait mal depuis 4 mois dû à mon activité (tirer, pousser des chariots remplis de contre marque en granit pour un poids de 300 kg à plus 500 kg) mais jusque là, la douleur resté supportable, même si le soir je ne pouvais plus me couché du côté droit.
Le Covid 19 arrive, arrêt 2 mois de confinement et obligation de prendre mes congés payé N-1 avant le 31 mai.
Cinq jours avant de reprendre mon activité salarial j’ai ratissé mon jardin et le lendemain matin le moindre faut geste de l’épaule me faisait sauté au plafond. J’ai attendu deux trois jour, la douleur était devenue insupportable. Je consulte, verdict tendinite de l’épaule (après vérification des radiographies, sans calcification). Maintenant je me retrouve en arrêt maladie depuis le 28 mai au 27 juin 2020 avec sans doute reconduction du médecin. Pour le Kinésithérapeute, j’en ai minimum pour 3 mois dû à mon activité
Et pour finir, Mon entreprise me menace de me licencié pour inaptitude au travail.

Ma question est la suivante : peut-ont faire reconnaître un arrêt maladie en accident de travail un mois plus-tard, et les indemnités sont-elle rétroactifs, en sachant que mon problème d’épaule était sans aucun doute en relation avec mon activité salariale.