Arrêt maladie sage femme

Bonjour,
Je suis infirmière libérale. La sage femme m'a fait un arrêt de travail mais n'a pas pu noter que c'était à cause de la grossesse alors que c'est le cas. Est ce que je vais quand même toucher des indemnités de la part de la cpam? Ou est ce que je dois refaire un arrêt par mon médecin, en sachant que du coup je vais perdre des jours d'indemnisation?
Merci pour votre réponse