carence entre deux arrêts ?

Bonjour, je suis actuellement en arrêt maladie depuis plusieurs mois. Mon premier arrêt date du mois d'avril, mon médecin a fait une demande en maladie professionnelle, après plusieurs prolongations, la maladie professionnelle a été prise en compte provisoirement au mois de mai en attendant la décision du médecin conseil de la caisse.Celui-ci a rendu un avis défavorable au 3 septembre. Après deux prolongations jusqu'au 30 juin je pensais reprendre, je suis donc retournée au travail le 2 juillet, j'ai eu ma visite de reprise avec le médecin du travail le 3 juillet, celui-ci m'a jugée inapte pour reprendre, mon médecin traitant m'a donc prolongée. Suite à ce nouvel arrêt ( toujours pour la même pathologie ) j'ai eu des jours de carence et mon employeur prend en compte cette date pour la carence de la prise en charge de ma prévoyance. Je me retrouve actuellement en difficulté car je mon salaire n'est pas complété. Pouvez-vous m'aider en m'éclairant.
Cordialement