Interim - CP payé en fin de contrat - baisse de salaire

Bonjour,

Ma conjointe est en contrat interim jusqu'à mi-avril, c'est à dire juste avant son congé maternité.
Elle a pris une semaine de vacance en janvier et sur sa fiche de paie cette semaine n'a pas été payée. L'agence interim indique que les CP seront payés à la fin du contrat (en Avril).
Cependant le mois de janvier va être pris en compte dans le calcul des indemnités journalière alors que dans son cas il sera bien inférieure à son salaire brut de base (une semaine en moins).

Que peut on faire dans ces cas là car son indemnité ne sera pas représentative de son salaire mensuel.

Merci de votre aide.