Comment dois être rempli mon arrêt total prescrit à la suite d'un arrêt pour mi temps thérapeutique en ALD ?

Mon oncologue m'a prescrit un arrêt total (jusqu'au 30/11) alors que j'avais repris pour la 2eme fois à temps partiel thérapeutique (prescrit jusqu'au 30/09). Je suis en ALD depuis le 1er avril 2024 et donc toujours dans la période des 3 ans. J'ai repris un protocole de chimio et je sais donc que la reprise n'est pas pour tout de suite. Mon employeur a fait une attestation en arrêt initial alors que l'oncologue a établi l'arrêt en prolongation. J'ai droit à des IJ basées sur mon temps complet avant mon arrêt initial du 1er avril 2024 pendant 3 ans. Est ce que le fait de faire une attestation pour un arrêt initial ne va pas mettre la pagaille dans mes IJ de la cpam et du complément de la prévoyance santé ? Je re précise que tous mes arrêts sont en lien avec mon ALD. Merci d'avance pour votre réponse. Cordialement,