3 jours d'arrêts (dont week-end), 1 seul jour d'absence effectif sur mon poste et pourtant 3 jours de paie en moins ?

Bonjour,
Malade je vais chez le médecin un samedi qui me prescrit un traitement et 3 jours d'arrêts. Je lui indique que je n'ai besoin d'un arrêt que pour le lundi car je ne travaille pas le week-end. Ce dernier me rétorque qu'il ne peut pas faire autrement que de faire démarrer l'arrêt ce jour (Est-ce vrai?). Je déclare mon arrêt auprès de mon employeur et le mois suivant on me retire 3 jours de salaire. Je demande des explications à mon employeur qui m'indique qu'il ne peut pas faire autrement que se caler sur la déclaration faite auprès de vos services. J'avoue ne pas comprendre le fonctionnement et le point légal ici.
En quoi la déclaration faite auprès de vos services oblige mon employeur à comptabiliser des absences sur des jours non travaillés?Autrement dit, pourquoi, si ce que dit mon employeur est vrai, je me retrouve à avoir travaillé 4 jours la semaine en question et n'avoir été payé que 2 jours?

Merci par avance pour votre retour et éventuelle solution de recours

Bien cordialement