AT et congés payés

Bonjour, je suis chargée de recrutement et victime d’ harcèlement par l’un d’entre eux. Une plainte a été déposé et j’ai arrêté le travail le 3 juillet, mon médecin m’a mis en arrêt jusqu’au 3 août inclus. Mon travail m’a déclaré en accident de travail le 28 juillet mais mon médecin ne m’a pas indiqué en accident de travail mais en arrêt initial car je ne pensais pas que le harcèlement compté dans les AT. Ameli me réclame donc une attestation de mon médecin pour l’AT déclaré. Dois je retourner au médecin pour refaire mon arrêt et le déclarer en AT à la place ?
J’avais des congés du 4 au 14, puis je quand même prolongé mon arrêt suite au harcèlement persistant encore à ce jour ? Merci pour votre aide.