Complement salaire temps partiel thérapeutique

Bonjour,
Ma situation semble compliquée. Fonctionnaire territoriale, je suis en disponibilité depuis plus de 2 ans et travaille dans le privé. Actuellement en temps partiel thérapeutique, je n'ai touché aucun complément de salaire car à priori, je suis toujours sous le régime fonctionnaire. Mon employeur actuel a bien fait toutes les démarches mais mon statut de fonctionnaire semble bloquer car dans la fonction publique le maintien de salaire est effectif. Dans mon cas, je ne suis pas rémunérée par la territoriale mais bien par mon employeur qui ne pratique pas le maintien de salaire. Comment démêler cette situation ?
En vous remerciant,