Trop perçu durant congé maladie pour affection de longue durée

Bonjour,
J’ai été en arrêt maladie pendant 9 mois comprenant une hospitalisation pour mon affection de longue durée. Je suis contractuel de la fonction publique. Les ressources humaines m’avaient indiqué que je serai payée à hauteur de 90 jours en plein traitement et 90 jours en demi traitement. Pendant mon arrêt je n’avais pas accès régulièrement à mes mails ou à mon téléphone. Il y a eu des soucis de prise en compte de mes arrêts maladie, les 2 premiers mois n’ont pas été enregistrés comme tels. Aujourd’hui je fais parvenir mes arrêts pour régularisation de la situation en vue d’une prolongation de mon contrat de la durée égale à mon arrêt de travail effectif, mais on me précise que mes droits sont finalement différents, que je ne devrais percevoir que 30 jours à plein traitement et 30 jours à demi traitement et que cela devra être régularisé (en soit, je devrais rembourser le trop perçu) du fait de mon ancienneté (moins de 2 ans). Y a t il un recours possible pour éviter le remboursement d’une telle somme (presque deux mois de salaire…) totalement imprévue ?
Merci