Inaptitude et arrêt de travail

Bonjour, suite à une visite médicale une mise en inaptitude dans l'établissement est acté dans reclassement, seulement je pensais que le certificat faisait foi d'arrêt de travail et personne ne m'avait rien dit ... Comment faire pour ne pas que se soit considéré comme un abandon de poste...? Impossible de faire faire un arrêt antidaté donc est ce qu'il y aurait autre chose de possible ? Merci par avance,