Pourquoi mes indemnités journalières ne sont pas payées régulièrement

Bonjour,
Je suis en arrêt en maladie depuis plusieurs mois. Au début j'étais salarié puis j'ai été licencié pour inaptitude.
Lorsque j'étais salarié mes indemnités journalières étaient payées à mon employeur dans des délais très courts et très régulièrement tous les 14 jours ce qui me laisse penser que c'était le résultat d'un processus informatique.
Après mon licenciement il a été très compliqué de faire reprendre le paiement des indemnités ce qui s'est finalement fait après de nombreux échanges de messages et d'appel téléphoniques. Néanmoins les indemnités ne sont jamais payées en temps et en heure et je suis obligé d'appeler à chaque fois pour obtenir le paiement.
Ma question est donc de savoir s'il y a une différence de traitement entre les salariés avec subrogation à l'employeur et les demandeurs d'emploi. Les traitements informatisés ne sont-ils pas applicable dans ma situation ? Si oui, comment faire pour obtenir qu'ils soient mis en œuvre.
Merci d'avance de votre retour.