Contrôle médecin employeur pendant chômage partielle

Bonjour, étant en ald j ai été en arrêt de travail du 17 mars au 30 avril puis en chômage partielle depuis le 1er mai. Aujourd'hui un médecin est venu me contrôler, sur la feuille il était écrit arrêt de travail du 17 mars au 30 juin alors que je lui est précisé que je n étais pas en arrêt mais au chômage partielle, il n as pas su quoi me répondre a part que sur sa feuille C était écrit arrêt jusqu'au 30juin... Il as bien coche la case arrêt conforme reprise au 30 juin, du coût je lui ai signé mais à présent j ai peur que mon employeur justifie au près du chômage partiel que j étais en arrêt et pas au chômage partiel alors que je lui est bien transmit mon certificat d isolement. Je suis un peu perdu, quelle intérêt de ce contrôle !