Prolongation d'arret de travail OU arret de travail initial après une reprise en temps partiel thérapeutique ?

Bonjour,
Après 1 an d’arrêt de travail en ALD pour Cancer, j'ai repris en mars 2017 en temps partiel thérapeutique d'abord à 50% puis des septembre 2017 à 80 % toujours en temps partiel thérapeutique.
Au moins de novembre 2017 j'ai été hospitalisée pour le début de ma reconstruction. Le chirurgien m'a prescrit un arrêt de travail initial de 2 semaines. Puis j'ai vu mon généraliste qui m'a prescrit une nouvelle période de temps partiel thérapeutique à 80%.
Ma question porte sur l'intitulé de mon arrêt "arret initial" plutôt que "prolongation". En effet il semblerait que mon indemnisation soit bien différente selon cet intitulé.
Mon chirurgien aurait il du, aurait il pu me prescrire une prolongation ? Ceci dans la mesure ou il s’agit de la même pathologie et dans la mesure ou je n'ai jamais repris à plein temps ?
Aujourd'hui ma complémentaire AG2R ne couvre pas la perte de salaire car ils appliquent une carence, du fait que ce soit un arrête initial
Mon employeur ne me couvre qu'à 66 % selon mes conventions collectives.
et la CPAM calcule mes indemnités sur la base de mes 3 derniers salaires . 3 mois durant lesquels j’étais pour moitié à 50% et pour pour autre moitié à 80% ... Avec en plus 3 jours de carence.
Le manque à gagner est énorme et ne me permet pas de faire face à mes charges... Alors qu'en définitive je ne me suis arrêtée que le strict minimum pour une reconstruction mammaire ! Comment envisager la prochaine intervention prévue dans 4 mois. ???
J'avoue être un peu perdue.