Arrêt maladie refusé par mon employeur

Bonjour, j'ai entamé une procédure aux prud'hommes à l'encontre de mon employeur pour harcèlement, j'ai été mis en arrêt pour la même raison par mon médecin. Pour éviter toute confrontation avec ce dernier, j'ai demandé à ma tante de lui remettre mon avis d'arrêt de travail en mains propres mais quelques jours plus tard j'ai retrouvé cet arrêt dans ma boîte aux lettres, je suppose qu'il n'a pas pris la peine de suivre les procédures qu'il lui incombaient. Tout en sachant que de mon coté, j'ai déposé les premiers volets en tant et heure et que mon arrêt apparaît sur mon compte AMELI.
Vais-je percevoir mes indemnités quand même? Et si non, quels sont mes recours ?