Arrêt maladie refuser par l'employeur

Bonjour,
J'ai un arrêt maladie d'une semaine sur le moi d'octobre qui est en cours de traitement a la sécu car il as été télétransmis par le médecin directement.
Entre temps la fin du moi d'octobre est arrivé j'ai eu mon salaire et ma fiche de paie et je me suis rendu compte que mon employeur n'a pas pris en compte mon arrêt de travail , et je ne travaille maintenant plus pour cet employeur pour fin de contrat classique.que dois-je faire?
Vais-je toucher quand même l'indemnité journalière de la sécu qui me les réclamera par la suite ou dois-je attaqué mon employeur pour ne pas avoir pris en compte mon arrêt et qui en as profité pour me mettre en recupe d'heures supplémentaires car j'en avais 67 et j'ai vue qu'il m'en on payer 31ou 32...