Paiement arrêt suite à un mi temps thérapeutique

Voilà j'étais en mi temps thérapeutique lié à mon ALD sur un CDI à temps plein. J'ai repris mon travail le 1er juin à plein temps. Le 15 juin j'ai été en arrêt maladie classique sans rapport avec mon ALD. Le médecin m'a mis de nouveau en mi temps thérapeutique mais toujours sans rapport avec mon ALD.
Ma question est de savoir comment va être payée mon arrêt et mon nouveau mi temps ? Sur la base d'un salaire à temps plein ou à mi temps ?
Merci à vous