Décision du médecin contrôle après le délai de contestation

Bonjour Madame, Monsieur,
C'est dans un contexte de désespoir que j'écris ce message. Mon cas est très complexe, aussi je vais essayer de le détailler le plus possible sans être trop explicite.

• au niveau médical : je souffre de polypathologies depuis plusieurs années, avec des symptômes s'aggravant au fur et à mesure. Je vous ferais la gentillesse de passer les noms barbares de mes maladies et je passe les derniers examens car il semblerait que je sois atteinte de fibromyalgie, une maladie assez mal connu aujourd'hui.
• au niveau administratif : Mon arrêt maladie a été arrêté par le médecin contrôle en mars dernier car elle estimait que j'étais jeune et que je devais travailler, que je devais me changer les idées.Toujours sur ces conseils, je devais aller à Pôle Emploi mais je devais "me reposer et prendre le temps de me reconstruire". Car j'ai été arrêtée en raison d'un harcèlement professionnel en premier lieu et vu que j'allais être déclarée inapte, c'est la raison pour laquelle le médecin conseil a mis fin à l'arrêt car je n'étais plus au contact du danger imminent. Finalement, je suis inscrite à Pôle Emploi. Mais la conseillère et la psychologue du travail de Pôle Emploi estiment que je ne suis pas en état de travailler et que je devrais toujours être en maladie. Sauf que l'assurance maladie refuse que je conteste (le délai est dépassé), les assistantes sociales ne peuvent pas me recevoir (car je ne suis plus en arrêt) et on me dit d'aller faire un dossier MDPH.
Je viens de quitter une conseillère assurance maladie au téléphone à l'instant qui vient de m'expliquer cela.
Voilà donc la situation. Je suis une personne honnête qui respecte toujours tout et j'ai l'impression d'être "une patate chaude" que tout le monde se jette. Sauf que oui, je suis vraiment très malade et j'ai eu "peur" d'aller contre la décision du médecin conseil même si elle a été très gentille et qu'elle-même me disait qu'il fallait que je continue mes examens pour savoir ce qu'il n'allait pas. J'ai l'impression aussi que mes médecins subissent la décision du médecin contrôle comme si cela est irrévocable. Maintenant, je dois utiliser mes droits chômage alors que je devrais être en maladie. C'est la double peine puisque j'ai l'impression que mes maladies ne sont pas "reconnues". En plus, j'ai l'impression de faire une rechute de dépression ce qui serait catastrophique. Comment faire ? J'ai besoin d'aide !
Par ailleurs, je sais que les contrôles sont organisés par l'assurance maladie et non pas à la demande de l'employeur. Mais je soupçonne mon ancien employeur d'avoir demandé à l'assurance maladie de me contrôler car j'étais en train d'être déclarée inapte et il n'a pas supporté cela. Comment savoir s'il y a eu une demande ou un courrier de la part de mon employeur ?
En vous remerciant pour cet espace de communication et dans l'attente de vos retours, cordialement.