Arrêt de travail pour rechute en maladie professionnelle

Depuis le début avril, mon médecin traitant à effectuer un certificat pour rechute en maladie professionnelle pour mon épaule gauche prise en charge par la CPAM. Depuis avril, j'ai effectué plusieurs examens, chirurgien, échographie, radio, IRM, infiltrations...à ce jour mon chirurgien dit dans son compte-rendu, tendinopathie de la coiffe des rotateurs pas encore guérie. Nous ne pouvons pas envisager une consolidation actuellement. Demande d'examens complémentaires , arthroscanner et probablement une PRP. Mon médecin traitant ne m'a pas prolongé mon arrêt car elle estime que de toute façon je ne pourrai pas retrouver mon état normal. Je suis au chômage et donc pris en charge par la CPAM. Je ne comprends pas cette décision administrative. C'est bien médical ?
Puis je faire contre dire cette décision du médecin traitant par le médecin conseil , avec l'envoie du compte-rendu du chirurgien ? Que puis je faire pour continuer à percevoir mes IJ ?