Nouveau délai de carence en cas de pathologie différente

Bonjour,
J'ai lunplusieurs questions mais qui ne traitent pas tout à fait de la même situation. J'étais en mi-temps thérapeutique. Puis j'ai eu un arrêt de travail initial avec application du délai de carence. Deux mois plus tard, mon médecin prolonge cet arrêt mais en indiquant une pathologie différente. Alors que les deux motifs d'arrêt sont liés. Est ce que les 3 jours de carence s'appliquent à nouveau ?
Merci
Cordialement