Délai de carence ou non pour 2eme pathologie pendant la prolongation de la 1ere ?

En mi-temps thérapeutique pour une pathologie, une 2eme s'est ajoutée et j'ai du m'arrêter totalement, en attendant une opération chirurgicale. Les deux motifs ont été indiqués sur la feuille d'arrêt maladie.

Alors qu'il y a bien une prolongation d'arrêt pour la 1ere pathologie, 3 jours de délai de carence m'ont été décomptés, comme si cette 1ère pathologie était devenue inexistante. Cela est totalement incohérent, puisque ça ne correspond pas à la réalité.

Ce qui serait cohérent et juste, serait que les trois jours en question soient indemnisés au titre de la prolongation de la 1ere pathologie, donc selon le barème du mi-temps thérapeutique, au lieu que celle-ci soit tout à coup totalement ignorée, déniée. A mon sens, en plus de l'équité, c'est aussi une question de respect.

Qu'en est-il légalement ?
Bien cordialement