Passage de maladie à maladie professionnelle ?

Bonjour,je suis en arrêt de travail classique depuis le 22 mai .
La dernière prolongation datée 06 septembre.
Après conseil de la médecine du travail et en accord avec mon médecin traitant,je me décide à faire la déclaration de maladie professionnelle.
Mon médecin traitant fait donc cet arrêt MP le 08 septembre, et de mon côté je remplis l formulaire à renvoyé à la cpam.
La date de départ de MP est le 27 mai(1er examen montant une affection dans la liste des MP).
Le 23 septembre, je reçois un mail de l'assurance-maladie me disant que l'employeur n'a pas envoyé les attestations de salaires, que mes indemnités sont bloquées. L'employeur, après m'avoir promené un petit peu(me disant qu il a pas reçu le cerfa de l assurance maladie dans 1 premier temps),et après 2 appels de ma part au 3646 font par me dire dans le denier mail que les attestations sont faites au moment des payes et que c est en cours.
D'une part a t il e droit de faire trainer cette déclaration de salaire??...
D'autre part est il normal que la cpam doivent recalculer mes indemnités sachant qu'il n y a pas eu de reprise de travail??
Le nouvel arrêt de travail (initial en MP est en réalité une prolongation, une rectification???
Merci si vs pouvez m aider a comprendre...