Erreur données arrêt de travail

Bonjour,

J'ai été voir sos médecin car mon docteur était en vacances, je suis bloqué du dos.
Néanmoins après 48h mon employeur revient vers moi en m'informant que l'arrêt de travail est caduque car il s'agit d'une demande de temps partiel/travail aménagé au lieu d'un arrêt comme évoqué avec le médecin de sos médecin.
Je suis maintenant dans l'embarras, vais je perdre mes droits à une indemnité suite à cette erreur ? Je ne suis pas habitué aux arrêts je l'avoue, je suis perdu.
Merci