Mi-temps thérapeutique et employeur

Bonjour je vous expose mon problème j'espère avoir votre aide pour y remédier :
Ma conjointe a fait un pneumothorax et est en arrêt depuis plus de 3 mois.
Afin de reprendre le travail elle a eu une visite médicale de reprise, le médecin lui a mis un mi-temps thérapeutique. Mais ce médecin lui a également dit que son entreprise n'était pas en règle vis-à-vis de la médecine du travail et que le dossier était bloqué et ne pouvais plus avancer.

Elle a donc contacté son employeur en lui expliquant la situation, en lui demandant de se mettre en règle ou elle réfléchirai à son avenir dans l'entreprise. Son employeur lui a juste répondu qu'il accepterait éventuellement sa démission. On marche sur la tête c'est eux qui sont en tort mais ne veulent pas faire avancer les choses.
Malheureusement ma conjointe va bientôt ne plus être en arrêt mais ne pourra pas non plus reprendre le travail.
Quels sont nos possibilités pour faire avancer les choses ?