est ce que le médecin conseil peut il arrêter les indemnités journalières au milieu d'un arrêt de travail?

J'ai vu la médecine du travail qui m'a dit de me mettre en arrêt de travail car vu mes problèmes de santé, notamment mon asthme que je suis en ALD et mes épaules qui ont été opéré et reconnu en maladie professionnelle ne convient pas au travail que je fais donc j'ai été contrôlé par un médecin conseil qui m'a annoncé d'interrompe les indemnités journalières au milieu de mon arrêt de travail sachant que je suis dans l'incapacité de reprendre mon poste et que la médecine du travail n'a pas encore donné l'ordre à mon employeur pour un licenciement pour inaptitude de mon poste et en plus ils m'ont pas reconnu mon incapacité de mon bras gauche donc je lui en ai parlé et soit disant qu'elle va faire ce qu'il faut. Donc ma question est ce qu'ils ont le droit de le faire?