Arrêt maladie pathologique grossesse pour protection absolue contre le licenciement

Bonjour
Ma compagne, cadre, bras droit du dirigeant ,dans une entreprise familiale d'une centaines de salarié vient d'annoncer à son employeur qu'elle est enceinte de 3 mois.
Le soir même il va la voir en furie pour lui annoncer qu'il souhaite une rupture conventionnelle ou sinon ce sera un licenciement et quil lui fera vivre l'enfer. Évidemment à 19h00 aucun temoins de la scene. Charmant surtout après 2 ans à avoir donné sa vie pour son travail.
Bref , l'entretien de rupture a lieux semaine prochaine. Ma femme souhaite essayer de négocier lord de la rupture une rupture de contrat l'issue de son congés maternité mais elle est persuadé que son employeur refusera pour terminer au + vite.si la rupture n'aboutit pas, il fera à coup sûr , un licenciement pour faute grave (faute inventée).Ma femme n'a pas la force de se battre pendant sa grossesse.
Seul l'arrêt maladie pathologique pourrait la mettre en sécurité de cet employeur malhonnête jusqu'à son conges mat et ainsi vivre sa grosses sereinement.
Ma question est donc : peut on renouveler, avec bien évidemment approbation du medecin un arrêt pathologique au delà des 14 jours. Attention, l'indemnisation nous n'en n'avons rien à faire, ce n'est pas une question d'argent, mais de sécurité contre le licenciement. Donc, même si j'imagine, au bout des 14 jours, on retombera sur un arrêt maladie classique en termes d'indemnisation, le médecin peut-il toujours cocher la case PATHOLOGIQUE afin que l'arrêt soit notifié comme tel?