Subrogation de salaire

Bonjour,
Ma question concerne ma compagne, en arrêt depuis le 19 février dans une entreprise qui pratique le maintien de salaire (90 jour dans son cas). Le maintien s'est arrêté au 31 mars (à cause d'arrêts précédents). D'après l'article sur le site concernant la subrogation, son employeur aurait dû indiquer comme date de fin, le dernier jour de la subrogation, soit le 31 mars, date à partir de laquelle les IJSS auraient dû être versées à ma compagne, et plus à son employeur.
Or, les IJSS continuent à être versées à l'employeur, qui ne les reverse pas à ma compagne (ils parlent de monter un dossier à la mutuelle d'entreprise, et ils demandent également à ma compagne de leur transmettre les bordereaux, alors qu'ils sont censés les avoir à disposition).
Ont-ils le droit, en remplissant la demande de subrogation, d'indiquer une date de fin ne correspondant pas au dernier jour de la dite subrogation pour l'employé concerné ?