Mon employeur Refuse de prendre mon arret maladie

On m'a fournit un arrêt de travail que j'ai envoyé à mon employeur pas dans les regles (+de 48h et pas en recommandé) , l'arrêt tombé pendant mes vacances que j'avais posé, il a donc refusé cet arret de travail et a préféré payé mes vacances vu que jai pas fait les choses correctement, hors la caisse d'assurance maladie ma bien payé et a accepté ce meme arrêt meme le delais dépassé (48h) , sauf que jai enchaîner cet arret maladie avec mon congé maternité hors la date quil a renseigner pour mon dernier jour de travailler ne correspond pas (vu quil a mis le jour de mes dernières vacances, ce qui larrange ) comment je peux faire pour remedier a ça et etre payé ? A til le droit de refuser mon arret maladie ?
Merci d'avance