IJ perçues à tort

Bonjour,
J'ai été en arrêt maladie plusieurs mois et lorsque mon employeur a déclaré cet arrêt, il a oublié de cocher la demande de subrogation.
Du coup, il m'a payé l'intégralité de mon salaire, comme s'il avait demandé la subrogation et en plus, j'ai reçu directement les indemnités journalières.
Aujourd'hui, il m'a demandé de lui apporter le bordereau des IJ perçues téléchargé depuis mon compte AMELI et me dit qu'il ne me versera pas de salaire jusqu'à ce que ma dette soit remboursée (environ 3.000€).
Est-ce qu'il a le droit de faire ça ?
Merci pour votre aide.