Trop perçu employeur suite à salaire versé en même temps que IJSS SANS subrogation

Lors d'un arrêt maladie, mon employeur a continué à me payer pour une question de délai (la paie était déjà faite lorsque j’ai été arrêté). Il me réclame donc, à juste titre, le trop perçu correspondant aux IJSS. Mais il me prélève sur mon salaire NET, le montant BRUT des IJSS que j’ai perçues. J'ai l'impression alors de payer 2 fois la CSG et la CRDS : elles ont été enlevées de mes IJSS pour passer du brut au net ; et je les reverse à mon employeur dans le trop perçu qu'il me prélève... Est-ce que mon raisonnement est correct ou bien mon employeur fait-il les choses comme il faut ?