Autotest positif, pcr négatif mais covid d'après mon médecin

Bonjour à tous, cas contact au travail j'ai fait un autotest samedi dernier positif. J'ai donc fait un pcr dimanche qui c'est relevé négatif. J'ai été travailler ( en école) lundi matin malgrés mon état mais étant négative pas trop le choix.
Lundi soir rendez vous chez le doc qui me dit que c'est bien le covid ( pour le doc le virus n'est plus dans mon nez mais plus bas c'est pour cela que le pcr était négatif) me voilà donc à l'isolement pour la semaine avec arrêt de travail.
Est ce que je vais être totalement indemnisée comme toutes personnes positives avec pcr? Ai je des démarches à effectuer en plus de l'arrêt envoyé directement par mon médecin à la sécurité sociale ?
Merci pour vos reponses