Comment recevoir les indemnisations dues au Covid ?

Bonjour,
Mon cas est un petit peu particulier. En effet j'ai reçu un premier arrêt de travail pour maladie délivré par mon médecin traitant qui a donc été transmis à mon assurance maladie. Cependant le lendemain je suis allé faire un test Covid qui s'est avéré être positif, j'ai donc reçu une attestation d'isolement d'Amélie et que j'ai transmise à mon employeur. Je pensais donc que ce deuxième arrêt prendrais le dessus sur le premier pour être indemnisé mais en recevant mon bulletin de salaire, j'ai remarqué que je n'avais pas été indemnisé. Comment puis-je faire ?
J'espère avoir été claire dans la description de mon problème et vous remercie d'avance pour votre réponse.