Prolongation d'arrêt de travail envoyée, mais pas reçu par la CPAM

Bonjour,
Mon médecin a prolongé mon arrêt initial de 15jrs. J'ai envoyé les 3 volets dans les délais. Mon employer m'a avancé mes Indemnités Journalières, ce qui fait que je n'ai jamais vérifié si mon arrêt était enregistré dans Ameli. Quelques mois plus tard mon employeur me signale qu'apparemment mon arrêt n'est jamais arrivé à la CPAM, (ou s'est perdu?). J'ai envoyé un duplicata, qui n'a pas été accepté (car pas dans les délais...). J'ai fait un courrier à la commission de recours amiable avec une attestation de mon employeur comme quoi j'étais bien en arrêt (car mon employeur a bien reçu le volet lui concernant!)
Toujours pas de réponse de la commission, cela fait presque 2 mois... et les 2 mois passés sans réponse=refus...Je commence un peu à stresser car mon employeur va probablement me demander de rembourser les IJ, tandis que pour ma part je pense avoir tout fait comme il faut.
Reconnaissez-vous cette situation? Qu'est-ce que je peux faire?
Merci de vos réponses