les primes et heures supplémentaires sont-elles prises en compte dans les indemnités journalières?

Je voudrais savoir si dans le calcul des indemnités journalières les heures supplémentaires et prime de fin d'année sont prises en comptent?
Je vais être hospitalisé pour opération fevrier , avec arrêt environ 2 mois ou +, j'aurai prise en charge de 30j maintien de salaire par l'employeur, puis 15j à 90% par l'employeur et ensuite indemnités journalières. J'ai lu que l'on prenait les 3 derniers mois avant arrêt travail et donc comme cela va être Novembre, Décembre (primes annuelle et h supp) Janvier.
Merci d'avance