Que faire en cas de changement de caisse et employeur dans un autre département?

Je suis en arrêt maladie et j'ai du quitter en urgence mon domicile pour me rendre dans un autre département (outre-mer) pour des raisons familiales.
J'ai prévenu (hors délai) ma sécurité sociale de mon déplacement et fait transféré mon dossier dans ce nouveau département.
Je ne suis toujours pas en mesure de reprendre mon travail et ne peux pas rentrer.
Ai-je le droit d'avoir un arrêt de travail d'un médecin se trouvant ici, en outre-mer, pour justifier mon absence auprès de mon employeur se trouvant en Métropole?