mon employeur cotise à la sécurité sociale et je suis indemnisé maladie à la MSA ?

Bonjour, je suis une personne à risque, mon employeur cotise à la sécurité sociale mais je suis indemnisé pour les maladies, hospitalisations ect... par la MSA. Mon médécin m'a mis en arrêt maladie et l'a envoyé à la sécurité sociale. Sauf que lorsque je veux me connecter sur AMELI avec mon numéro de Sécurité sociale je ne peux pas puisqu'on me dis que je dépends de la MSA sauf que mon arrêt maladie a était envoyé à la sécurité sociale. Maintenant je dois faire mon suivi. Comment cela se passe-t-il ?
Merci