Comment faire quand le médecin prescrit un congé pathologique grossesse et qu'il y a à nouveau 3 jours de carence ?

Bonjour,
J'ai fait une menace d'accouchement prématuré à 25SA. Je suis en arrêt depuis le 9/04 a ce titre.
Mon congé maternité débute le 17 juin et étant en arrêt jusqu'au 28/05, mon médecin a fait sur le même arrêt la prescription de prolongation jusqu'au 2/06 + le congé pathologique de grossesse jusqu'au 16/06.
Il est enregistré dans ameli le congé pathologique du 28/05 jusqu'au 10/02 et un délai de carence du 11/06 au 14/06 considéré comme un arrêt de travail initial car l'arrêt dépasse les 14 jours.
Le médecin pensait que la sécurité sociale prolongerai l'arrêt jusqu'à la date où le congé pathologique peut être pris, ce pourquoi il a fait un seul tryptique.
Ayant déjà eu 3 jours de carence en avril et n'ayant repris l'activité entre temps, comment faire pour rectifier cette situation ?

Merci de vos réponses.
Cordialement.