Le médecin peut-il prescrire une prolongation pour un second arrêt maladie de la même cause et reprise du travail 48h ?

Bonjour,
Mon médecin traitant m’a prescrit 2 arrêts de travail en mars 2018 pour la même cause avec reprise d’activité entre les 2 de 48h. Il n’a pas voulu cocher « prolongation » ’indiquant ne pas avoir le droit, car j’avais tenté la reprise de travail entre 2. Par contre, il a noté 2 fois le même motif sur les 2 arrêts.
La CPAM m’a donc prélevé 2 fois les 3 jours de carence, et mon employeur m’a retiré 2 jours de carence sur mon salaire.
Je suis agent contractuel de droit public. Après plusieurs mois de discussion avec mon employeur et transmission du certificat médical de mon médecin indiquant que le second arrêt était lié à la même cause, celui-ci m’a remboursé mon 2ième jour de carence, mais a retenu 3 jours d’IJ à verser par la CPAM que je n’ai pas touchées. Je suis donc encore davantage pénalisée.
Mon médecin traitant avait-il le droit de me prescrire une prolongation dans ce cas ?
Comment corriger l’erreur pour que la CPAM me reverse les 3 jours de carence du 2ième arrêt ? Un certificat médical du médecin peut-il suffire ? Doit-il corriger l’arrêt en indiquant une prolongation ?
Sinon l’employeur doit-il déduire les 2 jours d’IJ que je n’ai pas touchées ?
Vous remerciant pour votre aide.
Bien cordialement.