Comment ca se passe quand le medecin conseil dit que mon arret de travail est pour lui un accident de travail

Bonjour, en arrêt depuis quasiment 5 mois pour problème aux cervicales. Le médecin conseil vu aujourd'hui me dit que mon "arrêt de travail" devrait être un "accident de travail" puisque c'est arrivé sur le site ou je travaille. Comment cela va se faire pour passer de l'un à l'autre ? et comment ça va se passer pour les indemnités si mon employeur ne veut pas me fournir le document nécessaire.
Merci d'avance