arrêt de travail malgré l'avis du médecin conseil?

J'ai été convoqué par le médecin conseil qui devait attendre le compte rendu de mon chirurgien pour donner sa réponse. Mais elle a laissé un message sur le portable de mon mari bien avant mon rendez vous avec mon chirurgien. Je dois reprendre le travail à la fin de mon arrêt.
Ayant des périodes de pertes de mobilité de mes membres inférieurs. étant conducteur de bus mon médecin traitant refuse que je reprenne et ma fait une prolongation. Il a essayé de joindre le médecin conseil mais elle n'a pas répondu et il a demandé à ce qu'elle le rappelle sans aucun résultat. J'attends un certificat de mon chirurgien ou celui-ci précise que vu mes problème de jambes, pour ma sécurité ainsi que pour les autres il est contre ma reprise. Je viens de faire un courrier de contestation de la décision du médecin conseil. Est ce que malgré la décision du médecin conseil, je vais toucher mes indemnités journalières?