Indemnités journalières employeur me reprend celles-ci

Bonjour,
En arrêt du 12/04 au 02/08, mon employeur m'a versé:
30 jours à plein traitement et 30 jours à demi-traitement en salaire,
A la fin de mon contrat le 30/09, celui-ci a émis un titre à mon encontre pour les sommes que j'ai perçue par le biais des indemnités journalières parallèlement au salaire. Ils m'ont repris la totalité de mes IJ sur une période de 2 mois et demi.
N'était-ce pas plutôt que sur 30 jours à plein traitement ?
Je précise qu'il n'y a pas eu de subrogation et que rien n’apparaît sur les fiches de paie.
Merci par avance de vos éclaircissements