Arret maladie apres une maladie professionnelle ?

J'ai été en maladie professionnelle pendant 33 mois , pendant lesquels j'ai eu plusieurs problèmes de santé et des opérations. J'ai aussi pedu la vue à l'œil droit car j'ai un glaucome.
Lors de la visite à la CPAM avec le médecin conseil , elle a mis fin à ma maladie professionnelle normal , mais là ou je trouve qu'il y a un problème c'est qu'elle m'a dit de voir avec mon employeur pour qu'il me donne les congés annuels auxquels j'avais droit , alors que le médecin du travail et mon médecin ont confirmé que je n'étais pas apte à reprendre et mon médecin m'a prolongé en arret maladie classique. J'ai fait une demande en invalidité il y a un mois aussi et je sui reconnue travailleuse handicapé depuis 2015.
Je ne comprend pas l'atitude du médecin conseil , qui est là pour vérifier notre état de santé c'est normal , mais aussi pour nous conseiller sur la suite, il me semble non?
J'ai de nouveau rendez-vous avec elle vendredi , et je me demande si elle ne va pas me refuser l'arret maledie et me redire de reprendre le travail?