IJSS mi temps thérapeutique et subrogation

Bonjour

Suite à un arrêt j'ai repris mon travail en mi temps thérapeutique sur une période de plus de 2 mois.
Mon employeur me fait donc ma fiche de paie à hauteur de 50% et me prévient qu' il n'y a pas de subrogation auprès de la CPAM du fait de ce cas, et par conséquent les IJSS me seront directement versées par la CPAM et qu' il y aura un décalage pour le paiement des IJSS.
Jusque là tout va bien.
deuxième mois salaire à 50% mais toujours pas de virement des IJSS, je contacte mon centre de sécu qui m'informe que les IJSS ont été versées directement à mon employeur car il y avait toujours la subrogation.
Le mois suivant on me retient de la paie les IJSS bruts et on me les repositionné en gain net.
Ça j'ai compris aussi!
M'a question est donc : est-ce que mon employeur n'aurait pas du stopper la subrogation dès lors que j'étais à mi temps et du coup c'est moi qui aurai perçu les IJSS ?
Aujourd'hui je n'arrive pas à me faire entendre des RH et reste sans le complément des deux mois de salaires puisque je n'ai jamais perçu les IJSS!

À noter que du fait de la convention collective j'ai un maintien de salaire total.

J'espère avoir été clair!
Merci d'avancede votre aide