A quelle moment ma Maladie Professionnelle doit être reconnu ?

Bonjour
Pour la demande de prise en charge d'une maladie professionnelle due à une opération de l'épaule, j'ai constitué un dossier comprenant tous les justificatifs
Dossier :
12-12-2016 : MÉDECIN Consultation pour douleur à l'épaule
Ordonnance :
-10 Séances kiné

• Doliprane 1000
• Voltarène gel
• Radiographie épaule droit
• Echographie épaule droite
Arrêt de travail : 12-12-2016 → 23-12-2016
23-12-2016 : MÉDECIN Consultation pour douleur à l'épaule
Arrêt de travail : 23-12-2016 → 21-01-2017
09-02-2017 : MÉDECIN Consultation pour douleur épaule
Ordonnance :
• Séances kiné
• Paracétamol
• Diclofenac Epalamine 1,29% gel
• Betamethasone crème
Demande de prise de contacte avec un Chirurgien ( lettre )
Arrêt de travail : 09-02-2017 → 01-03-2017
24-02-2017 : CHIRURGIEN
• Lecture du courrier du Médecin
• L'examen clinique du jour est en faveur d'une rupture de la coiffe des rotateurs au dépend du sus épineux
Ordonnance :
• IRM épaule droite
06-03-2017 LICENCIEMENT 20 ans d' ancienneté ( les boules )
07-03-2017 : CHIRURGIEN Consultation
• Planification de l'opération épaule
Ordonnance :
Immobilisation épaule ( IMMOTM )
17-03-2017 : CHIRURGIEN
• Opération
Ordonnance :
• Lamaline
• Radiographie épaule droite
• 15 séances kiné
• Soins infirmiers à domicile
Arrêt de travail : 17-03-2017 → 07-01-2018
Dans les pièces jointes au dossier, deux demandes de reconnaissance de maladie Professionnelle, on été envoyé le 09-06-2017 .
• Une par mon Médecin établie le 02-06-2017 stipulant la prise en charge au 12-12-2016
• Une par mon Chirurgien établie le 08-06-2017 et datée du 17-03-2017 à la date de l'opération
Je suis à ce jour le 20-01-2018 reconnu en maladie professionnelle à compter du 17-03- 2017 et pense recevoir des indemnités.
Quelle serait pour moi la meilleure situation de prise en compte de la Maladie Professionnelle, en sachant que j'ai été licencié avant la reconnaissance de celle-ci et que la demande fait par mon Médecin le 02-06-2017 pour MP n'a pas été retenu malgré l'examen clinique du Chirurgien fait le 24-02-2017 , étant en faveur d'une rupture de la coiffe des rotateurs au dépend du sus épineux.

Quelques questions me viennent:
Est-ce que je vais perdre sur mes indemnités entre les deux dates ?
Quels sont mes recours ?

Dans l'attente d'une réponse
Cordialement.