Indemnités prolongation d arrêt après reprise du travail?

Bonjour, je suis en arrêt depuis mi septembre pour une maladie professionnelle en attente de reconnaissance. j ai souhaité reprendre le travail il y a peu le médecin m a donc fait une prolongation de soins avec reprise du travail. Cependant, je me suis rendu compte qu avec ma pathologie il etait trop tôt que je reprenne mon emploi donc une semaine après la reprise le médecin me prescrit une prolongation avec arrêt de travail. Comment vais je être indemnisé? Étant donné qu il s agit de la même pathologie quel salaire de référence doit être pris en compte? je vous remercie de votre aide.