Arrêt maladie pendant arrêt de travail non consolidé

Bonjour
Alors que j'étais en arrêt maladie pour accident de trajet pour mon épaule gauche.J'ai chuté. Delà, j'ai été en arrêt et opéré de l'épaule droite.puis d'un halux valgus. Et indemnisée selon la maladie. Mon épaule gauche n'est toujours pas consolidée et d'après mon chirurgien, il faudrait me mettre une prothèse. Il ne veut pas faire cette intervention car je suis trop jeune et le résultat non satisfaisant. Qui peut me mettre en arrêt de travail pour ce problème non résolu ? Pour quelle durée ? Et quelle indemnisation ? Mon chirurgien ou mon médecin traitant ?
Bien cordialement