Invalidité et mi temps thérapeutique

Bonjour,
Je suis en invalidité catégorie 1 depuis 2016 (handicap congénital au niveau de la jambe droite) et durant 1an et demi j’ai diminué mon temps de travail de 30%.Ayant obtenu un aménagement de mon poste adapté à mon handicap, j’ai pû reprendre mon travail à 100%. Ma pension a donc été suspendue pour dépassement du salaire de comparaison. Il y’ a quelques mois j’ai dû me mettre en arrêt pour des douleurs aiguës au niveau du pied. Je tenais à reprendre le travail tout en continuant à chercher à comprendre ce qui causaient ces douleurs ( rdv chez rhumato, chir, radio, irm, etc…). Donc mon médecin a prolongé mon arrêt mais en mi- temps thérapeutique.
Pour mon arrêt, des indemnites Journalières ont été versées à mon employeur ( subrogation). Est- ce que mon mi- temps thérapeutique va être indemnisé également ou le médecin conseil va-t’il devoir statuer sur mon dossier? Et dans quels délais? Cela fait 1 mois que je suis en mi-temps thérapeutique et j’ai touché un salaire plein. Si le médecin conseil refuse, je vais devoir rembourser mon employeur… cette situation me stresse au plus haut point…
Un grand merci par avance