Facturer avec mon auto entreprise pendant un arrêt mi temps thérapeutique dans mon activité salariée

Bonjour, je cumule depuis quelques années un emploi salarié à temps plein et quelques activités indépendantes en autoentreprise. Suite à une maladie, je reviens à mon poste salarié progressivement, via un mi temps thérapeutique. Je touche donc des IJ sécu sur le manque à gagner de mon salaire. Ai je le droit de facturer avec mon autoentreprise durant cette période de mi temps? si oui, suis je dans l'obligation de déclarer mon chiffre d'affaire à la sécurité sociale?